Родился 28 апреля 1946 г. в г. Укмерге Литовской ССР; окончил Ленинградский институт театра, музыки и кинематографии по специальности "режиссер телевидения".
Работает на телевидении (ранее — Гостелерадио СССР) с 1969 г. В сентябре 1988 г. вместе с Кирой Прошутинской создал первую в стране негосударственную телекомпанию АТВ.
В 1991 г. по предложению Председателя Компании «Останкино» создал в структуре государственной компании творческую студию — «Новая Студия». В июле 1992 г. по предложению руководства Компании возглавил Дирекцию IV Канала «Останкино» и за один год создал из канала повторов, с нулевым рейтингом оригинальный вещательный канал, с ежедневным собственным производством и рядом устойчиво высокорейтинговых телепрограмм. За это время на канале появились пионерские для отечественного телевидения того времени новации, в том числе прямые эфиры с интерактивным общением со зрителями, их вели ставшие впоследствии популярными телеведущими Иван Кононов и Дмитрий Дибров.
Возобновился показ телевизионных версий театральных премьер с комментариями нынешнего министра культуры Михаила Швыдкого. В производство были запущены оригинальные программы, получены на бартерной основе зарубежные телесериалы, было создано новое направление в отечественном телевидении — «телевидение общения», с прямым эфиром и непосредственной телефонной связью с телезрителями, а также принципиально новая информационно-телевизионная среда «живой информации», воплотившейся в ежедневной популярнейшей программе «Времечко».
В январе 1994 г., после изъятия IV Канала из ведения Компании «Останкино», Анатолий Малкин вновь становится Директором «Новой Студии», членом Совета Директоров Компании.
Анатолий Малкин является одним из основных создателей главной телепрограммы перестройки — «Взгляд», а также одной из немногих до-перестроечных программ демократического направления — «12 этаж». Академик Российской Академии телевидения.