Сюжет разворачивется в параллельной вселенной под названием «Aniverse», где идёт война между Федерацией Объединённых Зверей, которой управляют млекопитающие; и зловещей Империей жаб. Империю жаб возглавляет огромная компьютерная система, известная как «Комплекс», которая промыла мозги всему жабьему населению.
1866 год, Новая Англия, в рыбацких гаванях появилось существо неизвестного происхождения, которое топит корабли в открытом море. Задача Профессора Пьера Аронакса, морского эксперта, и Нэда Лэнда, матроса с железной волей, узнать правду о «монстре», обитающего в море. Великий писатель Жуль Верн описывает опасное приключение в самых глубоких недрах морского дна. К исследованиям присоединятся капитан Немо на борту «Наутилуса».