После победы над десептиконами на Земле, команда автоботов возвращается на Кибертрон, для того, что бы восстановить его. Вслед за ними возвращается и Юникрон - древнее зло, что бы уничтожить Кибертрон, ядром которого является Праймус - его вечный враг. Автоботы вновь вынуждены сражаться за свою планету.
1866 год, Новая Англия, в рыбацких гаванях появилось существо неизвестного происхождения, которое топит корабли в открытом море. Задача Профессора Пьера Аронакса, морского эксперта, и Нэда Лэнда, матроса с железной волей, узнать правду о «монстре», обитающего в море. Великий писатель Жуль Верн описывает опасное приключение в самых глубоких недрах морского дна. К исследованиям присоединятся капитан Немо на борту «Наутилуса».