После победы над десептиконами на Земле, команда автоботов возвращается на Кибертрон, для того, что бы восстановить его. Вслед за ними возвращается и Юникрон - древнее зло, что бы уничтожить Кибертрон, ядром которого является Праймус - его вечный враг. Автоботы вновь вынуждены сражаться за свою планету.
1866 год, Новая Англия, в рыбацких гаванях появилось существо неизвестного происхождения, которое топит корабли в открытом море. Задача Профессора Пьера Аронакса, морского эксперта, и Нэда Лэнда, матроса с железной волей, узнать правду о «монстре», обитающего в море. Великий писатель Жуль Верн описывает опасное приключение в самых глубоких недрах морского дна. К исследованиям присоединятся капитан Немо на борту «Наутилуса».
На БоБойБоя и его друзей напал злодей по имени Ретак'ка, который изначально использовал силы БоБойБоя. Он стремится отнять у него силы, чтобы стать самым могущественным человеком и господствовать в галактике.
Трое инопланетян прибыли на Землю, чтобы пристраститься к американской культуре. Друзья-земляне показывают им все вокруг: Майк, Седрик и Анжела. Марсиане-бабочки остаются на Земле до тех пор, пока их не находит император Бог.